בפר' חיי שרה פרק כה,א "ויסף אברהם ויקח אשה ושמה קטורה, ותלד לו וכו'". הגמ' בסנהדרין נט,ב אומר שאע"פ שברית מילה ניתנה לזרעו של אברהם, בני ישמעאל אין חייבין במילה דכתיב "כי ביצחק יקרא לך זרע", אבל בני קטורה חייבים במילה משום דכתיב "את בריתי הפר" לרבות בני קטורה. נחלקו הראשונים בדברי הגמ', רש"י פירש רק השש בנים של קטורה מאברהם חייבים במילה משום שאברהם אביהם, אבל זרעם פטורים. הרמב"ם בהל' מלכים פרק י הלכה ח פסק שכל הדורות של בני קטורה חייבים במילה. וכן פירש בחידושי הר"ן, השש בנים של קטורה מאברהם פשוט שחייבים במילה משום שהם "יליד ביתו" של אברהם, "את בריתי הפר" הוא לרבות כל הזרע של בני קטורה לברית מילה. 

הרמב"ם כתב "אמרו חכמים שבני קטורה שהם זרעו של אברהם שבא אחר ישמעאל ויצחק חייבין במילה. והואיל ונתערבו היום בני ישמעאל בבני קטורה יתחייבו הכל במילה בשמיני. ואין נהרגין עליה". הרי שהיו ם בני ישמעאל חייבים במילה מספק, שמא הם מבני קטורה. 

ביו"ד סימן רסג סעיף ה ברמ"א, אסור למול עובד כוכבים שלא לשם גירות. הפתחי תשובה מביא השאגת אריה סימן מט, דן בשאלה ב"הגריים" מבני ישמעאל, שהיו מלים את עצמן בשנת י"ג, האם מותר לישראל למול אותם. השאגת אריה כתב שתלוי בהמחלוקת הנ"ל, לפי רש"י שאין זרע בני קטורה חייבין במילה, אסור למול אותם, לפי הרמב"ם בני ישמעאל חייבים במילה משום שנתערבו בבני קטורה, מצוה למול אותם, השאגת אריה פסק להלכה כרש"י ואסר למול אותם. אבל המנחת חינוך במצוה ג כתב שאין לדחות דברי הרמב"ם, מאחר שהראב"ד לא השיג עליו, ולכן מצוה למול אותם.

השאגת אריה הקשה על הרמב"ם, הרי סנחריב בלבל את כל האומות, ולכן מותר לגר עמוני ומואבי לבוא בקהל ה', שכולם מעורבים וכל דפריש מרובא פריש, א"כ גם בני קטורה וישמעאל מעורבים בכל האומות. הפ"ת ומנ"ח מביאים מבנו של הנודע ביהודה לתרץ, שהדין הולכים אחר הרוב נאמר רק בישראל ולא בבן נח, ובגר עמוני ומואבי הרי נתגייר ויש הלכה של רוב, אבל לא בבני ישמעאל. המנ"ח תמה עליו, א"כ כל הגוים יהיו חייבים במילה, שהרי בני קטורה נתערבו בהם, ואין הולכים אחר הרוב בבני נח.

לכן נראה, הפשטות של הרמב"ם הוא שסובר שסנחריב לא בלבל את בני ישמעאל ובני קטורה בכל האומות, והם עדיין קיימים. וסבור הייתי להביא ראיה מהגמ' סנהדרין צא,א שמביא ממגילת תענית, כאשר כבש אלכסנדר מוקדון את ארץ ישראל, באו בני ישמעאל ובני קטורה ואמרו, שהוא יחלק את ארץ ישראל ביניהם עם בני ישראל, שהרי הארץ נתנה לאברהם והם ג"כ זרע אברהם. והשיב להם חכם א', כתוב בפר' חיי שרה "ויתן אברהם את כל אשר לו ליצחק, ולבני הפלגשים אשר לאברהם נתן אברהם מתנות וישלחם מעל יצחק בנו בעודנו חי קדמה אל ארץ קדם", הרי שאברהם נתן ירושתו של ארץ ישראל ליצחק, ושילח את בני קטורה ממנו. והרי למה לא השיבו להם, שאין אתם באמת מבני ישמעאל ובני קטורה, שהרי סנחריב בלבל את כל האומות, אלא שלא בלבל את אלו. אמנם, אין ראיה מכאן, שהרי באותו מעשה, באו בני מצרים ואמרו שבני ישראל השאילו מהם כלי כסף וכלי זהב ביציאת ממצרים ועליהם להחזירם, והשיב להם שכתוב שעבדו בני ישראל במצרים שלושים שנה וארבע מאות שנה, תן לנו שכר של כל העבודה במצרים. והרי סנחריב בלבל את מצרים, שהרי להרמב"ם אין איסור לישא גר מצרי בזמן הזה, וא"כ למה לא השיבו להם אינכם באמת מבני מצרים. אלא שהם השיבו להם לפי דבריכם, אתם טוענים שאתם מבני מצרים, יש לנו תשובה, וכן י"ל שאתם טוענים שאתם מבני ישמעאל ובני קטורה, יש לנו תשובה, וא"כ אין ראיה מכאן.

אמנם יש ראיה מדברי המדרש שמביא רש"י על הפסוק בפר' וירא "כי שמע אלקים את קול הנער באשר הוא שם", ה' דן את ישמעאל לפי המעשים שלו עכשין ולא לפי מה שיעשה בעתיד. שכאשר גלה נבוכדנצר מלך בבל את ישראל, היו מולכים אותם אצל הערביים, אמרו ישראל בבקשה תוליכנו אצל בני ישמעאל דודנו שירחמו עלינו. הבני ישמעאל הוציאו להם בשר ודגים מלוחים ונודות מלאים רוח, אחרי שישראל אכלו המליח והיו צמאים, לקחו הנודות לשתות ונכנס הרוח בפיהם והרגום. והרי גלות נבוכדנצר מלך בבל היה אחרי שסנחריב בלבל את האומות, ואע"פ כן המדרש אומר שאלו היו בני ישמעאל, ואילו ה' לא היה דן את האדם כפי מעשיו של עכשיו, לא היה מציל את ישמעאל אביהם ומראה לו את הבאר במדבר, וראיה מכאן שלא בלבל סנחריב את בני ישמעאל. ויש ליתן טעם, שסנחריב בלבל את בני המלכיות לאחר שכבש אותם, כדי שלא ימרדו בו, ולכן בלבל מצרים, עמון, מואב, ואדום, ועשרת השבטים. אמנם, בני ישמעאל ובני קטורה שהם ערביים יושבי מדברות, כמו שכתוב "והוא יהיה פרא אדם", ופי' רש"י אוהב מדבריות ככתוב "וישב במדבר ויהי רובה קשת", יתכן שלא חשש מהם והניחם במדבר ולא בלבל אותם.